Курсът по фармакотерапия би следвало да дава системни теоретични и практически знания областта на клиничната медицина и приложната фармакология.
Програмата е изградена върху концепцията за болестите като молекулярна патогенеза; която е основа за рационално лекарствено лечение и е адаптирана към потребностите на фармацевтичната и медицинска практика.
Разглеждат се фундаменталните принципи на лекарствената терапия, общи симтоми и синдроми; характерни различните нозологични единици във вътрешната медицина с тяхната патогенеза, етиологични ги и насоки за лечение.
Фармацевтите са експерти по фармакотерапия и са отговорни за осигуряването на безопасно, пригодно и икономично използване на лекарствата. Уменията, които са необходими, за да се работи като фармацевт изискват познания; квалификация и опит в биомедицинските, фармацевтични и клинични науки.
Фармацевтите носят отговорност за непосредствената грижа за пациентите и често са част от мултидисциплинарен екип. Цели на курсаса овладяване на фундаментални и практически знания за болестите и тяхното лечение; развиване на умения и познание за мониторинг на терапията и нежеланите ефекти на лекарствата.